Pada pertengahan abad ke-19 keadaan keagamaan orang Katolik di Hindia Belanda sangat menyedihkan. Pelajaran dan pengetahuan agama terbengkelai. Kehadiran umat untuk merayakan Misa di hari Minggu dibanyak tempat kurang terjamin. Banyak pasangan hidup bersama tanpa perkawinan. Banyak anak yang lahir dari pasangan-pasangan tersebut tanpa pendidikan. Keadaan ini menjadi penghambat tumbuhnya umat katolik yang bermutu. Karena itu, perlu ada pembaharuan dan usaha keras.
Maka salah satu jalan keluar adalah membuka sekolah. Pada 1 Agustus 1856 sekolah Ursulin pertama dibuka di Jl. Juanda. Jalan keluar lainnya adalah membuka panti asuhan. Hal ini terjadi ketika diadakan pertemuan pada 29 Agustus 1855. Dalam pertemuan tersebut diajukan ide untuk mendirikan yayasan panti asuhan oleh Pastor Kepala Katedral, H. Van der Grinten. Yayasan tersebut diberi nama Vereeniging van den H. Vincentius a Paulo (Yayasan Santo Vincentius dari Paulo). Tujuannya untuk memelihara semangat cinta kasih dengan mengamalkan tugas Kristiani dan perbuatan amal.
Pada awal mula yayasan ini berjalan apa adanya karena ketiadaan fasilitas dan uang. Anak-anak terlantar dititipkan kepada keluarga Katolik yang mampu dan diberi uang imbalan
jika diperlukan. Namun demikian, semakin lama semakin banyak anak terlantar sehingga diperlukan sebuah rumah khusus. Akhirnya dicari jalan keluar dengan membuka asrama untuk kaum putri di Pasar Baru pada 1 April 1862. Penghuninya pada waktu itu sebanyak 25 orang. Pada 4 April 1866 asrama putri ini pindah di Biara Santa Ursula untuk selama sebelas tahun hingga pada tahun 1885 rumah panti dibangun untuk menampung 80 anak panti.
Sementara untuk anak- anak lelaki mereka dititipkan pada keluarga-keluarga katolik yang ada. Baru pada November 1893 dibangun sebuah asrama untuk mereka di Kwini. Asrama itu diberkati oleh Pastor J. van Santen, SJ dan diberi nama St. Josephstichting. Anak yang ditampung sebanyak 29 orang.
Kemudian para pengurus yayasan mencari tanah lain dan pada 1910 dibeli sebidang tanah sekaligus dengan rumah di Jalan Kramat. Pada tahun itu juga asrama putri dipindahkan
ke Kramat. Pada 1912 dibuat rencana untuk memindahkan St. Josepstichting dari Kwini ke Kramat karena tempat yang ada di Kwini tidak dapat lagi menampung pertambahan jumlah
anak-anak putra. Berbarengan dengan pembangunan Gedung panti, direncanakan juga untuk membangun sebuah kapel, sebagai tempat merayakan Ekaristi Kudus. Untuk mewujudkan pembangunan kapel tersebut, Yayasan memperoleh bantuan dari Paroki Katedral. Dengan demikian dapat dikatakan bahwa kapel di Kramat dipersiapkan dan kemudian ditentukan sebagai paroki baru, pemekaran dari paroki induk – Paroki Katedral.
Sesuai dengan catatan sejarah, gedung panti mulai ditempati 1916. Itu berarti, kapel mulai digunakan juga pada tahun tersebut oleh para panti serta pengurusnya dan umat yang berdiam di sekitar daerah Kramat.