Pastor Nelissen diangkat sebagai Prefek Apostolik yang per tama di Hindia Belanda. Ketika itu beliau berumur 54 tahun. Kemudian Prefek Apostolik Hindia Belanda dan Pastor Prin- –
sen (saat itu berumur 28 tahun) dikirim ke Batavia. Pada 22 Juli 1807 keduanya meninggalkan pantai Texel di Hollandia Utara. Karena masih dalam kancah peperangan melawan Inggris, kapalnya berlayar ke Batavia melalui New York. Mereka tiba di Batavia pada 4 April 1808.
Pada Mei 1808 kedua iman tersebut diberi sebagian Gedung tangsi untuk digunakan sebagai ‘gereja darurat’. Salah satu rumah dinas perwira dekat ‘gereja darurat’ juga diberikan dan dijadikan rumah pastor. Kemudian kedua pastor tersebut membentuk Badan
Pengurus Gereja dan Dana Papa, yang terdiri atas Prefek Apostolik Nelissen sebagai ketua dengan anggota-anggotanya tuan Chevreux Le Grevisse, Fils, Bauer, dan Liesart (R. Kurris, S.J.,2001:17).
Pada pertengahan 1818, setelah meninggalnya Perfek Apostolik pertama, Pastor Prinsen diangkat sebagai Perfek Apostolik Batavia. Sebagai Perfek Apostolik, beliau selalu melihat perkembangan gereja di Batavia. Pada 6 November 1829 Monseigneur Prinsen memberkati sebuah gereja yang diberi nama ‘Santa Maria Diangkat Ke Surga’. Mulai saat itu banyak umat katolik pada Minggu datang ke gereja, selain karena telah tersedia gereja yang dapat menampung banyak orang, juga karena peran dan keteladanan Komisaris Jenderal Du Bus de Gisignies (1825-1830), seorang ningrat dari Belanda Selatan yang beragama Katolik.
Pada 5 Februari 1830 Monseigneur Prinsen dan Tuan Komisaris Jenderal Du Bus de Gisignies pulang ke Eropa. Kepulangan Monseigneur Prinsen membuat Kepala Gereja Katolik Hindia Belanda vakum. Barulah setahun kemudian, pada 1831, diangkat Pastor Scholten, pastor di Semarang, menjadi Perfektur Apostolik yang baru menggantikan Monseigneur Prinsen.
Pada 8 Mei 1834 untuk pertama kalinya terjadi empat orang pribumi yang berasal dari etnis Jawa dipermandikan di katedral. Peristiwa ini menjadi dasar bagi kaum oposan untuk menulis fitnahan dan tuduhan terhadap Gereja Katolik di surat kabar Javansche Courant. Hubungan tidak harmonis itu berlanjut sampai pada akhir 1835 ditetapkan keputusan raja yang isinya sangat membatasi kekuasaan gereja. Namun hubungan antara pemerintah dan gereja membaik di pertengahan tahun 1836 sehingga pada 2 September 1836 sebanyak 32 tentara negro dari Afrika diantar dengan iringan korps musik militer ke katedral untuk dipermandikan.
Setahun kemudian, yaitu pada 4 November 1837 umat Katolik pun turut bergembira dengan kedatangan dua pastor baru, yaitu H. J. Cartenstat dan J. A. van Dijk, dan satu setengah tahun berikutnya tiba Pastor C. Reynen. Pastor H. J. Cartenstat ditempatkan di Batavia untuk membantu Monseigneur Scholten sehingga Monseigneur dapat mengunjungi umat katolik di pulau-pulau lain di Hindia Belanda